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WORKSHOP GARR 2019
8-10 ottobre 2019

Aula magna della Scuola Lettere, Filosofia, Lingue dell'Università Roma TRE

10 ottobre 2019

Arnaud Ceol

IEO
https://www.ieo.it/

10 ottobre 2019 - SESSIONE: Cloud e servizi: modelli, novità e casi d'uso - III

Ricerca in ambito sanitario: HPC e cloud

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Arnaud Ceol

Ricerca in ambito sanitario: HPC e cloud

Diplomato in informatica con una specializzazione in bioinformatica a l’Università di Lille (Francia), e dottorato in biologia molecolare a l’Università di Roma Tor Vergata (Italia), Arnaud Ceol ha lavorato su progetti di ricerca nel campo della biologia delle reti (interactomics), biologia delle strutture, drug-target discovery, genomica e epigenomica, a l’Istituto di Ricerca Biomedica in Barcellona (Spagna) e per l’Istituto Italiano di Tecnologie (Center for Genomic Science of IIT@SEMM, Milan, Italia). Nel contesto di vari progetti internazionali, ha sviluppato risorse per l’archivio, l’integrazione, la visualizzazione e l’analisi di dati biologici. È adesso specialista ICT nell’Istituto Europeo di Oncologia in Milano (Italia), applicato a l’area ricerca e alla gestione della piattaforma bioinformatica e il supporto alla comunità bioinformatica. Coordina inoltre l’unita di bioinformatica del Dipartimento di Oncologia Sperimentale.

Graduated in computer science with a specialization in bioinformatics at the University of Lille (France), and holding a PhD in molecular Biology (University of Rome Tor Vergata, Italy), Arnaud Ceol has worked on research projects in the fields of network biology (interactomics), structural biology, drug-target discovery, genomics and epigenomics (NGS) at the Institute for Biomedical Research in Barcelona (IRB, Spain), and the Center for Genomic Science of IIT@SEMM (Milan, Italy). In the context of international projects, he has developed resources for the storage, integration, visualization and analyses of biological data. He is now an ICT specialist at the European Institute of Oncology (Milan, Italy), focusing on the research area, on the management of the bioinformatics platform and the sup

 

Ricerca in ambito sanitario: HPC e cloud.

I ricercatori dell’Istituto Europeo di Oncologia si appoggiano su un cluster HPC per le analisi di routine. Includono pipeline per analisi nei campi della genomica, epigenomica e proteomica, oltre a l’analisi è la visualizzazione di dati cristallografici e immagini. Non tutti questi progetti sono adatti alla piattaforma on-premise: progetti che richiedono quantità maggiore di memoria o cpu addizionali, GPU, o per quali è richiesta la condivisione con collaboratori esterni devono essere migrati nel cloud. Durante questa presentazione presenteremo brevemente la nostra infrastruttura on-premise, e come promuoviamo l’uso di tecnologie che facilitano la riproducibilità e la migrazione delle pipelines. Di seguito illustreremo alcuni esempi di progetti per quali sono richieste risorse addizionale e quindi vanno migrate nel cloud.


Healthcare research: HPC and cloud.

The researchers of the European Institute of Oncology rely on an HPC cluster for their routine analyses. Those include pipelines for genomics, epigenomics, proteomics analyses, as well as analyses and visualization of crystallography and imaging data. Not all projects fit on this on-premise architecture: high amount of memory or cpus, GPUs, or the possibility to share a workflow with external collaborators are some bottlenecks we can deal with using cloud resources. During this presentation, we will briefly present our on-premise infrastructure and how we promote the usage of reproducible and easy to migrate technologies among the research groups. We will therefore provide examples of projects which require additional resources and need to be migrated to the cloud.

 

 

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